I The Wolverine blir Logan (Hugh Jackman) uppsökt av en japansk kvinna – Yuiko (Rila Fukushima), också mutant, för att åka till Japan för att ta farväl av Yashida (Hal Yamanouchi), en man han träffade i Japan då Logan satt i fångläger.
Logan plågas av mardrömmar och bor i en grotta uppe i bergen i Alaska, och hans mardrömmar blir inte färre efter resan till Japan. Där Yashida ligger inför döden i svår cancer. Han har anställt en kvinnlig läkare som också är mutant – Viper (Svetlana Khodchenkova), och hon har forskat om evigt liv, och lovat Yashida att han ska kunna få leva för evigt. Det Logan inte vet, är att det är hans eviga liv som ska bota Yashida.
Samtidigt hotas Yashidas barnbarn Mariko (Tao Okamoto) av kidnappning från den japanska maffian, och Logan tar på sig att beskydda henne.
Det blir en resa i dåtid, nutid och framtid. Det är många actionscener, men trots det är filmen välspelad men en bra handling som hela tiden för filmen framåt. Dessutom är det en liten cliffhanger i slutet av filmen, så vem vet, i en framtid nära dig kommer ytterligare en Wolverine-film.